Действие Desktop Tower Defense разворачивается на карте, напоминающей офисный рабочий стол. Игрок должен помешать определённому количеству врагов, известных в жанре как «крипы», достигнуть заданной точки на игровом поле. Это достигается путём строительства и улучшения башен, которые стреляют по вражеским крипам, наносят им урон и уничтожают их, прежде чем те смогут достичь своей цели. В отличие от многих других игр в жанре «защита башни», путь самих крипов не задан заранее; вместо этого, построенные башни определяют путь крипов, которые выбирают кратчайший путь к выходу, какой только смогут найти. Игра не позволяет игроку сделать выход полностью недоступным, но ключевые стратегии вращаются вокруг направления крипов в длинные, извилистые коридоры.